Program Studi Agroteknologi FPB Unmas Denpasar pada awal pendiriannya tahun 1980 bernama jurusan Agronomi dan Proteksi, selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud RI Nomor : 0358/O/1986, tanggal 13 Mei 1986 terjadi perubahan nama jurusan agronomi menjadi budidaya pertanian dan jurusan proteksi menjadi hama dan penyakit tumbuhan. Sesuai dengan regulasi Jurusan Budidaya Pertanian dan Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan menyatu menjadi Program Studi Agroteknologi yang terakreditasi B pada tanggal 2 November 2014, selanjutnya Surat Keputusan BAN PT Nomor: No. 1868/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2019 dan tanggal 29 Mei 2019 dengan Skor 350 dengan peringkat Terakreditasi B.