Pada saat pendirian Fakultas Pertanian Universitas Mahasaraswati Denpasar mengasuh dua jurusan, yaitu: Agronomi dan Proteksi. Berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud RI Nomor : 091/0/1982 tanggal 08 Maret 1982 Fakultas Pertanian Universitas Mahasaraswati Denpasar memperoleh Status Terdaftar.
Kemudian dengan Surat Keputusan Mendikbud RI Nomor : 0400/0/1984 tanggal 29 Agustus 1984 didirikan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian sehingga Fakultas Pertanian mengasuh tiga jurusan. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud RI Nomor : 0358/0/1986, tanggal 13 Mei 1986 terjadi perubahan nama jurusan agronomi menjadi budidaya pertanian dan jurusan proteksi menjadi hama dan penyakit tumbuhan.Dengan Keputusan Mendikbud RI Nomor : 063/0/1990 tanggal 23 Januari 1990 Fakultas Pertanian memperoleh Status Diakui sampai diadakannya suatu perubahan penataan program studi jenjang pendidikan program sarjana (S1) yang berstatus diakui atau telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada Perguruan Tinggi Swasta di Lingkungan Kopertis Wilayah VIII sesuai dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Depdikbud RI) Nomor : 199/DIKTI/Kep/1999 tanggal 30 April 1999.